Trường Tiểu Học Trần Quốc Toản được thành lập từ năm 1955 với tên gọi là trường Cấp 1 Lương Khánh Thiện ( cả Thị xã Phủ Lý lúc đó chỉ có 1 trường cấp duy nhất), quy mô trên dưới 10 lớp, số học sinh dao động từ 300 đến 500 em. Từ năm học 1976-1977 sát nhập với trường cấp 2 thành trường PTCS Trần Quốc Toản. Đến năm học 1994- 1995, trường lại được tách ra với tên gọi là trường Tiểu học Trần Quốc Toản cho đến ngày nay.

Năm học 2000-2001 trường được công nhận trường đạt chuẩn quốc gia mức độ 1. Trong nhiều năm qua, với đội ngũ giáo viên nhiệt tình, tâm huyết phong trào thi đua Dạy tốt - Học tốt của nhà trường luôn được duy trì và đạt kết quả cao. Chất lượng giáo dục toàn diện của nhà trường được giữ vững. Học sinh của nhà trường tham gia giao lưu học sinh giỏi các cấp đạt kết quả cao. Năm học 2015-2016, giao lưu Olympic Tiếng Anh cấp tỉnh trường có 02 giải nhất, 7 giải nhì, 5 giải ba, 2 giải khuyến khích. Thi Tiếng Anh qua mạng cấp thành phố có 1 giải nhất, 13 giải nhì, 20 giải ba, 11 giải khuyến khích. Có 1 cô giáo được công nhận giáo viên giỏi cấp tỉnh, 2 cô giáo được công nhận giáo viên giỏi cấp thành phố, 01 cô giáo được công nhận là giáo viên chủ nhiệm giỏi cấp thành phố.