Năm 1958, trường cấp I, II Trần Phú được thành lập trên dải đất ven sông Hồng phía Nam Thủ đô Hà Nội. Khi mới thành lập, trường chỉ có vẻn vẹn hai lớp do thầy giáo Hồ Viết Lộ làm hiệu trưởng. Buổi ban đầu trường đặt địa điểm ở Đình làng Nam Dư Hạ. Trong kháng chiến chống Mỹ (1964 - 1975), nhà trường sơ tán chia nhỏ ra các địa điểm ở đình Khuyến Lương, chùa Khuyến Lương, nhà thờ công giáo Yên Lương. Thời kỳ này xã Trần Phú được vinh dự hai lần đón Bác Hồ về thăm (tháng 2/1961 và tháng 7/1964). Dù có nhiều khó khăn, thầy trò trường cấp I, II Trần Phú quyết tâm thực hiện lời Bác Hồ dạy: “Dù khó khăn đến đâu chúng ta cũng phải quyết tâm thi đua dạy tốt, học tốt”. Đến năm 1977, trường được chuyển về xây dựng trên nền sân bóng với hai dãy nhà cấp bốn gồm 10 phòng học và phòng làm việc. Từ năm 1988 đến nay, trường được tách thành hai cơ sở Trường THCS Trần Phú và trường Tiểu học Trần Phú.

          Dưới sự lãnh đạo đầy nhiệt huyết sáng tạo của đồng chí Vũ Văn Kham - nguyên Bí thư Chi bộ, Hiệu trưởng nhà trường cùng sự phấn đấu bền bỉ, đoàn kết khắc phục mọi khó khăn của tập thể giáo viên trường Tiểu học Trần Phú, nhiều năm liên tục trường đạt danh hiệu tiên tiến xuất sắc cấp thành phố. Thật vinh dự năm học 1999 - 2000, trường được công nhận là trường Chuẩn Quốc gia giai đoạn 1996 - 2000. Phát huy truyền thống của nhà trường từ năm 2000 đến 2010, trường liên tục giữ vững danh hiệu tập thể lao động xuất sắc. năm học 2003 - 2004, trường được Thủ tướng Chính phủ tặng bằng khen, đã có 9 lượt giáo viên dự thi giáo viên giỏi cấp thành phố đạt giải cao. Nhiều giáo viên đạt danh hiệu chiến sĩ thi đua cấp Quận, thành phố. Đặc biệt năm học 2008 - 2010, cô giáo Vũ Thị Thanh Tú -  Bí thư Chi đoàn, đảng viên trẻ đã đạt giải nhất bộ môn Mỹ thuật, giải nhất sử dụng đồ dùng dạy học trong Hội thi giáo viên giỏi cấp thành phố. Đồng chí Lê Hồng Hà - Bí thư Chi bộ, Hiệu trưởng nhà trường được đề nghị các cấp xét công nhận danh hiệu nhà giáo ưu tư. Nhiều học sinh đạt giải cao trong các kỳ thi của thành phố. Công đoàn nhà trường liên tục đạt danh hiệu công đoàn vững mạnh xuất sắc tiêu biểu cấp quận. Chi bộ trong sạch vững mạnh, trường tiên tiến xuất sắc về TDTT cấp thành phố. Nhiều năm qua trường liên tục hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ năm học mà ngành giáo dục đã giao cho. Năm học 2008 - 2009, trường được Quận đầu tư sửa chữa và xây mới một ngôi trường đẹp, khang trang đầy đủ các lớp học và các phòng chức năng, với cơ sở vật chất khá hiện đại.

          Trải qua hơn 50 năm xây dựng và trưởng thành, trường Tiểu học Trần Phú không ngừng phát triển, cùng với sự đổi thay của đất nước, trên mỗi chặng đường phát triển, các thế hệ thầy trò nhà trường đều có quyền tự hào về mái trường Trần Phú thân yêu của mình, nơi đào tạo ra lớp lớp các thế hệ học trò, những chủ nhân tương lai của đẩt nước.