Trường Tiểu Học Thanh Trường thành phố Điện Biên Phủ, tỉnh Điện Biên được thành lập ngày 12/7/2001 theo QĐ số 1025/2001/QĐ-UB của ủy ban nhân dân huyện Điện Biên và mang tên là trường THCS Nông Trường. Ngày 15/12/2003 Trường được đổi tên thành trường THCS Thanh Trường tại Quyết định số: 402/2003/QĐ-UB nhân dân thành phố Điện Biên Phủ, Tỉnh Điện Biên.

Trường luôn nhận được sự quan tâm chỉ đạo sát sao của các cấp uỷ Đảng, chính quyền mà trực tiếp là Đảng uỷ- HĐND, UBND phường Thanh Trường; Phòng Giáo dục và Đào tạo Thành phố Điện Biên Phủ; sự phối kết hợp của các cơ quan ban ngành, tổ chức đoàn thể phường; sự ủng hộ nhiệt tình của các doanh nghiệp; sự đồng thuận của các bậc phụ huynh học sinh và nhân dân trên địa bàn.

Cơ sở vật chất của nhà trường đáp ứng các yêu cầu nâng cao chất lượng: Trường có 08 phòng học được xây dựng bán kiên cố, trong đó có 5 phòng học bộ môn. Các phòng học, phòng chức năng đảm bảo các yêu cầu chuẩn hóa, hiện đại hóa. Hệ thống sân chơi, hệ thống phòng làm việc của Ban giám hiệu, phòng làm việc của giáo viên, các tổ chuyên môn đáp ứng yêu cầu. Thư viện cung cấp đủ sách giáo khoa, sách giáo viên cho giáo viên; sách giáo khoa cho học sinh thuộc diện chính sách và cả học sinh người dân tộc, học sinh có hoàn cảnh khó khăn. Trang thiết bị dạy học, đồ dùng dạy học tự làm đáp ứng yêu cầu dạy học. Đội ngũ cán bộ, giáo viên đủ về số lượng đồng bộ về cơ cấu, 100% đạt trình độ chuẩn, trên chuẩn, đáp ứng yêu cầu đổi mới nâng cao chất lượng giáo dục.