Trường Tiểu học Quốc Tế Nhật Bản là trường liên cấp từ bậc Mầm non đến hết Trung học Phổ thông theo mô hình giáo dục của Nhật Bản và sự kết hợp giữa chương trình giáo dục Nhật Bản và chương trình Quốc tế Cambridge. Đây là mô hình giáo dục tiên tiến đầu tiên lấy giáo dục nhân cách là giá trị cốt lõi, với mong muốn dần được lan toả ở Việt Nam. Đồng thời, Nhà trường là một trong những cầu nối cho sự giao lưu văn hoá, khoa học kỹ thuật và kinh tế xã hội giữa Việt Nam với Nhật Bản và cộng đồng Quốc tế

          Trường Tiểu học Quốc Tế Nhật Bản hướng tới đào tạo những thế hệ công dân toàn cầu, những người có khả năng nắm bắt được bản chất của sự vật, sự việc, có khả năng hợp tác, sự nhanh nhạy và sắc sảo về trí tuệ, khả năng giao tiếp và thuyết phục, năng lực xử lý và phân tích thông tin, sáng kiến, khởi xướng và sự sáng tạo. Những người có năng lực tự nhận thức được vai trò của bản thân, không chỉ hành động vì một đất nước Việt Nam mà còn vì một thế giới tốt đẹp hơn nữa.

          Giáo dục nề nếp, tác phong và đạo đức theo tiêu chuẩn Nhật Bản, để luôn đảm bảo “Giáo dục nhân cách là giá trị cốt lõi của trường Quốc tế Nhật Bản”.
         Trường Tiểu học Quốc Tế Nhật Bản thực hiện những giờ học vui vẻ, dễ hiểu với tiền đề xây dựng cho học sinh niềm đam mê học tập, ý thức tự khẳng định được bản thân (Self-affirmation), mình là sự tồn tại chỉ có một và duy nhất trong cuộc đời này.

          Thông qua phương pháp giáo dục này, Trường Tiểu học Quốc Tế Nhật Bản coi trọng việc đào tạo những học sinh giàu tình cảm, lòng bao dung có khả năng tự vấn bản thân; những học sinh chăm chỉ, chính trực, khiêm nhường, nỗ lực và tự lực; những học sinh sinh luôn có tấm lòng biết ơn những gì mình đã được thụ hưởng.
         Phương pháp giáo dục khoa học được thực hiện theo chương trình Quốc tế Nhật Bản và sự kết hợp giữa chương trình giáo dục Nhật Bản và chương trình Quốc tế Cambridge trong cùng hệ thống cơ sở vật chất theo tiêu chuẩn Nhật Bản.