Trường Tiểu Học Phan Chu Trinh - Nguyễn Thái Học được thành lập năm 1946 tại địa chỉ số 40-42 Phố Phan Chu Trinh (nay là phố Nguyễn Thái Học, Quận Ba Đình, TP Hà Nội). Khi thành lập Trường Phan Chu Trinh có bậc tiểu học và bậc trung học. Giám đốc (hiệu trưởng) là nhà Văn hóa Giáo dục nổi tiếng: Giáo sư Đặng Thai Mai. Tổng thư ký là ông Nguyễn Huân, các giáo viên chính của trường lúc đó: Bà Nguyễn Khoa Diệu Hồng, ông Lê Viết Khoa, Nhạc sĩ Lưu Hữu Phước, Họa sĩ Nguyễn Đỗ Cung, Phan Kế Anh, Nhà văn Nguyễn Đình Thi, Thi sĩ Nguyễn Xuân Sanh…

Ngay từ những ngày đầu năm học 1946 trường Phan Chu Trinh đã có vinh dự đặc biệt: được đón Bác Hồ đến thăm trường. Lời dặn dò của Bác “Đoàn kết thi đua, dạy tốt, học tốt” đã là động lực giúp nhà trường vượt qua mọi gian khó để phát triển, vươn lên không ngừng trong suốt những năm qua.

Chỉ sau ngày khai giảng 16/9/1946, chưa đầy 3 tháng, trường Phan Chu Trinh phải tạm đóng cửa để thày, trò tham gia cuộc kháng chiến toàn quốc chống thực dân Pháp xâm lược. Khi ấy, nhiều học sinh của trường đã tham gia phong trào “Cảm tử quân” với khẩu hiệu “Quyêt tử cho Tổ quốc quyết sinh”.

Qua 30 năm, cùng với cả dân tộc Việt Nam thực hiện thắng lợi 2 cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và quân xâm lược Mỹ, nhiều thế hệ thày trò đã cống hiến xứng đáng và trưởng thành xuất sắc.

Trong 30 năm tiếp theo, kể từ 1975, khi miền Nam nước ta được hoàn toàn giải phóng, đất nước thống nhất, trường Phan Chu Trinh bước vào giai đoạn phát triển mới. Năm học 1993-1994, thực hiện chủ trương của Bộ Giáo dục & Đào tạo, Trường PTCS Phan Chu Trinh tách thành 2 trường THCS Phan Chu Trinh và Tiểu học Phan Chu Trinh.