Trường Tiểu Học Ninh Phong được thành lập năm 1957, khi đó gọi là trường cấp 1 xã Ninh Phong – huyện Hoa Lư. Thời kỳ này, vì trường mới thành lập nên điều kiện cơ sở vật chất và trang thiết bị phục vụ cho công tác dạy học vô cùng khó khăn. Nhà trường chưa có điểm trường riêng, văn phòng trường phải nhờ hội trường của UBND xã Ninh Phong; các lớp học được đặt tại các đình, đền, chùa và trụ sở làm việc của hợp tác xã. Học sinh không có sách giáo khoa, giáo viên dạy đọc dạy viết là chính. Khi thành lập, trường mới chỉ có 6 lớp học (2 lớp Một, 2 lớp Hai, 1 lớp Ba, 1 lớp Bốn), mỗi lớp học có khoảng 40 học sinh. Số cán bộ giáo viên của trường lúc đó mới chỉ có 6 người. Hiệu trưởng đầu tiên của nhà trường là cô Dương Thị Ánh Hường.

Trong khoảng thời gian 30 năm (từ năm 1957 đến năm 1986) trong điều kiện chung của đất nước còn khó khăn, trường vẫn không có điểm trường riêng. Văn phòng nhà trường phải nhờ tại hội trường UBND xã, lớp học nhờ tại các đình, đền, chùa của các làng. Các thầy cô giáo thường xuyên phải dạy học 2 ca. Đến năm học 1977-1978 trường được sát nhập cùng với trường cấp 2 và mang tên chung là trường PTCS Ninh Phong. Điểm trường chính đặt tại xóm Mơ, thôn Phúc Lộc; cơ sở vật chất của nhà trường chỉ có 2 dãy nhà ngói, trang thiết bị dạy học vẫn còn ít. Hiệu trưởng nhà trường phụ trách chung là thầy Chu Bình. Thời gian hoạt động của trường được bố trí 2 ca: buổi sáng dành cho hoạt động dạy học của cấp 2 còn các buổi chiều là hoạt động dạy học của cấp 1. Năm 1992 UBND xã Ninh Phong đã đầu tư xây dựng dãy nhà cao tầng 12 phòng ở địa điểm mới: xóm Nam, thôn Yên Phong (địa điểm trường Tiểu học ngày nay). Trường có diện tích rộng 22070 m2; Là ngôi trường đầu tiên trong huyện Hoa Lư được xây dựng cao tầng với 12 phòng, trong đó có 3 phòng dành cho các thầy cô giáo làm việc và 9 phòng học.