Trường Tiểu Học Nguyễn Khuyến tiền thân là trường PTC1 Tân Bình A và được đổi tên thành Trường TH Tân Bình A theo Quyết định số 84/QĐ-UB ngày 17 tháng 10 năm 1991 của Ủy ban nhân dân huyện Hòa Thành. Sau đó đổi tên thành Trường Tiểu Học Nguyễn Khuyến theo Quyết định số 127/QĐ-UBND, ngày 10 tháng 3 năm 2009 của Ủy ban nhân dân thị xã Tây Ninh.

Được sự tham mưu của phòng Giáo dục - Đào tạo Thị xã, trường được khởi công xây dựng từ tháng 9/2008 theo dự án đạt chuẩn Quốc gia do Ban quản lý dự án thị xã Tây Ninh (nay là Thành phố Tây Ninh) làm chủ đầu tư và đưa vào sử dụng từ tháng 8/2009. Trường Tiểu Học Nguyễn Khuyến đã hoàn chỉnh các tiêu chuẩn và được UBND tỉnh Tây Ninh công nhận trường đạt chuẩn quốc gia mức độ 1 vào ngày 18/01/2010 với quy mô cơ sở vật chất có 27 phòng, trong đó có 15 phòng học và các phòng chức năng. Trong năm học 2014-2015, Trường Tiểu Học Nguyễn Khuyến cơ sở vật chất có 27 phòng, trong đó có 15 phòng học và các phòng chức năng. Trường được Sở Giáo dục và Đào tạo công nhận đạt tiêu chuẩn chất lượng giáo dục cấp độ 1 theo Quyết định số 822/QĐ-SGDĐT ngày 05 tháng 5 năm 2015.