Trường Cấp I, II Ngọc Thụy được thành lập từ năm 1956 với 2 điểm trường đặt ở thôn Gia Thượng và Trung Hà. Đến năm 1994, Trường Tiểu học Ngọc Thụy được tách ra theo quyết định số 48/QĐ-TCUB ngày 11/12/1994 của UBND Huyện Gia Lâm với quy mô diện tích 6270m2, đặt tại thôn Gia Thượng, xã Ngọc Thụy, huyện Gia Lâm, nay là Ngõ 268, phường Ngọc Thụy, Long Biên, Hà Nội.

     Trải qua 24 năm xây dựng và trưởng thành, nhà trường đã vượt qua những khó khăn, không ngừng phát triển cả về số lượng và chất lượng, cơ sở vật chất ngày càng khang trang.

       Năm 2016, được sự quan tâm của UBND quận Long Biên, Trường Tiểu học Ngọc Thụy đã được sửa chữa, xây mới khang trang với 3 dãy nhà 3 tầng, 40 phòng học, phòng chức năng và các phòng làm việc của khu hiệu bộ, khu nhà thể chất, hệ thống bếp ăn một chiều đạt tiêu chuẩn, sân chơi rộng rãi, cảnh quan trường lớp Xanh-Sạch-Đẹp-Thân thiện-Văn minh. 

Hệ thống camera với 51 mắt được bố trí các khu vực trường hoạt động ổn định. 

rường Tiểu học Ngọc Thụy  được đầu tư quy mô hướng tới một trường học công nghệ thông tin hiện đại với 144 máy tính kết nối trực tiếp mạng Internet, 40 phòng học đều được trang bị máy điều hòa, đồng bộ đầy đủ máy tính, máy chiếu Prejecter, máy chiếu đa vật thể, loa âm thanh giảng dạy. 

Phòng học Tiếng Anh, phòng đa năng được trang bị đồng bộ bảng tương tác thông minh và các thiết bị nghe nhìn hiện đại cùng 40 máy tính kết nối Internet cùng tai nghe trực tuyến, nhà trường đầu tư thêm 4 ti vi màn hình 55, 60 inh kết nối Internet được đặt trên giá di động sử dụng linh hoạt phục vụ cho công tác quản lý và giảng dạy trong nhà trường.

Trường Tiểu học Ngọc Thụy  với quy mô trường 36 lớp, tổng số 1656 HS. Tổng số cán bộ giáo viên, nhân viên (CBGVNV): 68 đ/c,  100% GV đạt trình độ chuẩn đào tạo, trong đó trên 98% GV đạt trên chuẩn, 100% CBGVNV có trình độ Tin học cơ bản, nâng cao và 92% CBGVNV có trình độ Tiếng Anh A2.