Trường Tiểu học Nghĩa Kỳ Nam được thành lập năm 1989 (được tách ra từ trường Phổ thông cơ sở số 2 Nghĩa Kỳ), trường mang tên là Trường phổ thông cấp 1 số 2 Nghĩa Kỳ. Từ năm học 1992-1993 đến nay trường mang tên là Trường Tiểu học Nghĩa Kỳ Nam.
Trường được xây dựng tại thôn An Bình, xã Nghĩa Kỳ, học sinh chủ yếu là con em ở 4 thôn (An Bình, An Hội Nam 1, An Hội Nam 2 và Phú Sơn) với tổng diện tích sử dụng đất là 7.500 m2.
          Trải qua hơn 24 năm thành lập, nhà trường luôn phấn đấu vượt qua mọi khó khăn, từng bước phát triển đi lên và ngày càng trưởng thành. Kế hoạch chiến lược phát triển nhà trường giai đoạn 2016-2021, tầm nhìn đến năm 2025 nhằm xác định rõ định hướng, mục tiêu chiến lược, sứ mệnh, giá trị cốt lõi và các giải pháp chủ yếu để phát triển nhà trường trong thời gian tới, đây là cơ sở quan trọng cho các quyết sách của Hiệu trưởng nhà trường và các hoạt động của Ban Giám hiệu cũng như của các Đoàn thể, các cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh nhà trường.
Xây dựng và triển khai kế hoạch chiến lược của nhà trường là hoạt động có ý nghĩa quan trong trong việc thực hiện Nghị quyết số 29 về đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo đồng thời để từng ngày đáp ứng các nhu cầu học tập, phát triển, vui chơi ngày càng cao của học sinh. Phấn đấu xây dựng nhà trường trở thành địa chỉ giáo dục uy tín, chất lượng, tạo niềm tin trong phụ huynh học sinh, địa phương và xã hội.