Tháng 07/2003, xuất phát từ kinh nghiệm của ngành giáo dục đào tạo Quận 10 trong công tác giáo dục hòa nhập và nhu cầu thực tế của việc đưa trẻ khuyết tật đến trường tại địa bàn Quận 10, Phòng GD&ĐT Q.10 đã xây dựng phương án và trình UBND Q.10 duyệt kế hoạch thành lập trung tâm can thiệp sớm trên cơ sở cải tạo cơ sở vật chất một đơn vị trường học mầm non.
Tháng 09/2003, UBND Q.10 duyệt và giao nhiệm vụ chủ đầu tư cho Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng Trung tâm can thiệp sớm.
Tháng 10/2003, Phòng GD chính thức trình UB xin thay đổi việc thành lập Trung tâm can thiệp sớm thành việc xây dựng Trường Giáo dục Chuyên biệt Quận 10 (theo sự chỉ đạo của Sở GD&ĐT TP.HCM).
Tháng 06/2005, theo hướng dẫn của Sở GD&ĐT TP.HCM thì phòng GD trình UBND Q.10 xin đổi tên Trường Giáo dục Chuyên biệt Quận 10 thành tên Trường Chuyên Biệt Quận 10.
Ngày 20/10/2005, UBND Q.10 ra quyết định số 8554/QĐ-UB thành lập trường Chuyên biệt Quận 10.
Đến tháng 08 và 09/2006, Ban Quản lý dự án Q.10 tiến hành các thủ tục bắt đầu triển khai xây dựng trường Chuyên biệt Quận 10 trên nền đất của trường Mầm Non Phường 11.
Tháng 08/2007, trường Chuyên biệt Quận 10 được xây dựng xong nhưng chưa được trang bị phương tiện dạy và học, tuy nhiên trường cũng đã tiến hành chiêu sinh 22 trẻ khuyết tật thuộc địa bàn Quận 10 để bắt đầu hoạt động và rút kinh nghiệm cho năm học 2007 - 2008.
Sau khi hoàn tất dự án đầu tư "Trang thiết bị phục vụ giảng dạy" Trường Chuyên biệt Quận 10 chính thức khánh thành và khai giảng năm học 2008 - 2009 vào ngày 04/09/2008.